1907년에 충청관찰도의 공주감옥서를 경찰서로부터 인수받아 1908년공주감옥으로 개청하였다. 공주감옥은 새로 착임한 일본인 사옥관에 의해 개선에 착수하였으나 옥사의 신증축은 재정상의 관계로 급속한 기공을 하지 못하고 부득이 구 옥사를 사용하였다.
1908년 6월 17일 공주감옥의 전옥 야마다코이찌로가 임용되어 사무인수의 준비에 들어가 같은 해 7월 16일 개청하고 23일 수용자 및 사무를 공주경찰서로부터 인수받았다
1908년 감옥 8개소를 설치할 당시에는 비교적 감옥으로써의 체제를 갖춘 설비가 있었던 것은 경성감옥 즉 이전에 종로에 있었던 전옥서 뿐이었고 나머지 감옥은 경찰에 부속된 매우불완전한 온돌식 감방이 2~5개 정도가 있었을 뿐 직원의 근무장소도 없었다. 그 당시의 8개 감옥의 감방면적을 집계하면 겨우 298.3평에 지나지 아니하였다. 그래서 감옥의 개청에 앞서 사무실, 감방 및 취사장과 목욕탕 등의 설비를 갖추는 것이 급선무였으므로 법부는 최우선적으로 그 시행에 착수하였다. 공주감옥의 내감옥과외감옥은 증개축을 통하여 우선적으로 취사장 설비를 갖추었다.
1909년에는 지방재판소 지부의 소재지에 9개 분감을 설치하면서 공주감옥 관할 청주분감을 설치하는 등 점차 행형업무를 정비하였다. 1909년 7월 12일 통감부 감옥관제와 함께 본감과 분감의 명칭과 위치를 정하였으며 이 때 충청남도에 공주감옥, 충청북도에 공주감옥 청주분감이라는 명칭과 위치를 정하였다. 1939년 3월 청주분감은 대전 형무소 청주지소로 관할을 변경하였다.
당시 지방감옥의 실상에 대해서는 신관제에 의해 일본에서 착임된 전옥이 법부에 제출한 보고서의 내용은 다음과 같다. 미결감과 기결감 두 종류를 두고 또 남녀와 공범을 구별해야 하는 규정도 사실은 모두 혼동되고, 심할 경우에는 남녀도 구별하지 않는다. 또한 재감자는 종일 감방 내에 유폐되어 운동을 하지 못하고 감방을 나가 다닐 기회조차 주어지지 아니하였다. 뿐만아니라 다수에게는 수가, 족질 등 법외의 계구를 사용하여 신체의 자유를 완전히 구속하여 운동은 말할 것도 없고 누워서 자는 것조차 못하게 한다. 게다가 감방은 온돌로 좁고 창문이 없어 거의 토교와 다를 바 없는 구조이므로 음침하여 광선이 들어오는 것은 물론 공기의 유통을 끊어서 악취가 가득하고 잠깐 시찰을 할 때에도 구토를 참을 수 없다. 또한 청소 기타 청결법을 하는 경우가 없고 목욕은 물론 세면, 이발을 할 수도 없어 더러운 때가 폐단이다. 게다가 흡혈충 때문에 피부가 온전하지 못하고 영양은 극도로 불량하여 질병이 있어도 약이(약이되는 음식)도 주지 않는 등 수인은 혈색이 창백하고 형용은 마른 짚과 같아 그 처참함에 견디지 못하는 모습을 보인다.
이와 같은 상태이므로 매일 사망자가 나와서 그 수는 실로 놀라울 정도이다. 또한 징역수에게는 일정한 의류와 침구류를 사용하게 하는 규정이 없었다. 제식 등에 대해서는 정해진 것이 없었고 또 실제로도 착용하게 하는 경우도 없었다. 심한 경우에는 나체로 입감한 사람도 의복을 주지 않고 그대로 구금해 둔다. 식량에 대해서는 하루 8전의 규정이 있지만 모든 수인에 대한 예산을 배부받지 못해 골고루 나누어지지 못하기 때문에 수일 동안 식사를 못하는 기아에 허덕이는 예가 적지 않다. 또한 규정에 따라 급여하는 일이 있엇도 종래의 습관에 따라서 1일2회를 초과할 수 없어서 음식물의 급여가 고르지 못한 결과로 소지금ㅇ르 가진 사람은 자유롭게 구매하고 또한 임의로 작업을 하여 그 제품을 팔아서 얻은 돈으로 음식물을 구입하여 잠시 기아를 견뎌내는 사람도 있다. 역형에 처해진 사람은 정역에 복무해야 한다는 규정이 있어도 아직 취업하게 한 사실은 없고 종일 감방안에서 공수도좌(부리지어 팔장끼고 앉아 있음)하고 있다. 다만 소지금을 가진 사람은 임의로 소품을 매입하여 감방내에서 신발류를 제작하고 이를 순검이 동행하여 시장에 가져가서 이를 팔고 그 돈으로 음식물의 구매에 충당하는 것을 허락하였다. 도한 재감자 소유의 금전물품은 모두 그대로 본인에게 교부하고 영치하지 않으므로 재감자는 이를 사용처분하는 것은 자유이고 그 결과 흡연, 음주, 도박, 회뢰(뇌물을 줌) 등의 폐해가 속출하였다. 이는 어떤 지방 감옥에 대한 실상이지만 다른 지방에서도 마찬가지였다고 생각된다.
공주감옥에서는 방 내에 변기를 들일 정도의 여지가 없어서 감방 앞에 4말짜리 통을 두고 맥주병 바닥을 빼서 깔때기 모양을 만들고 나무창살을 통하여 방내에서 방뇨를 하게 하였다. 함흥감옥에서는 감방 내에 선반을 상하 2단으로 나누어 마치 2층처럼 만들었는데 이것은 수용능력을 높이려는 시도였으나 천정이 낮은 온돌방을 2단으로 하여 일어서서 생활하는 것은 불가능 하였다.